圣迭戈–(美国商业资讯)–Arima Genomics, Inc.是一家专注于加快基因组结构信息在医学研究、诊断和治疗中应用的生物技术公司，该公司今天宣布，基于其现有Arima-HiC平台打造的HiChIP应用已全面上市。随着此次上市，研究人员现在能通过单次实验获得在感兴趣的蛋白质占据的基因组位点上特别丰富的长距离染色质相互作用，从而能加快发现和发表速度并降低成本。
此次上市代表已完成成功的市场开发和Beta测试项目，从而衍生出市场需求的进一步证据、凭借升级品质控制提升产品性能，并提供来自客户验证的宝贵反馈。Mayo Clinic生理学教授Tamas Ordog表示：“我们对经由Arima HiChIP方案获得的数据感到非常满意。”关键意见领袖、凯斯西储大学(Case Western University)教授、Case综合癌症中心成员Peter Scacheri表示：“结果显示出很高的可重复性和出色的整体品质，该试剂盒节省了时间和测序成本。我们特别重视直截了当的品质控制步骤和易用性，总体而言，Arima HiChIP具有巨大价值。我们对Arima-HiChIP数据的信息性质和品质感到满意。”
HiChIP数据能为基因调控的机制基础及其如何最终导致疾病状态提供信息。Sanford Burnham Prebys长老会医学发现研究所发育、衰老和再生项目教授Lorenzo Puri表示：“通过H3K27ac或H3K4me4 HiChIP丰富的活跃染色质功能，我们发现了高分辨率的染色质环化事件，这些事件在健康状态、衰老或肌肉营养不良等疾病的肌肉再生过程中，可促进肌肉干细胞从静止状态过渡到其致力于分化成再生肌纤维的过程中的基因控制。”
科学界认识到HiChIP的价值，在缺乏经商业验证的试剂盒的情况下，一直在自制这种生物化学。研究神经精神病学遗传学的加州大学旧金山分校助理教授Yin Shen表示：“我们一直在自制HiChIP，因为它可提供既往分别进行HiC和ChIP-Seq实验所获得的关键见解。在最具挑战性的终末分化神经元样本中，我们的自制版本之前失败了，即便使用此类样本，Arima-HiChIP仍可生成卓越的数据品质和可重复性，因此为我们节省了可观的重复成本。”
早期客户产生的反馈和数据也有助于了解HiChIP在相关分析（例如HiC和ChIP-Seq）背景中的定位。特别是，尽管HiC可反映基因组组织的全局框架，但HiChIP可丰富来源于研究感兴趣的特定基因组位点的目标染色质相互作用。根据研究的要求，研究人员能发挥全方位HiC、更高分辨率的HiChIP或两者的优势。Puri补充道：“HiChIP数据与我们全基因组HiC数据的汇总分析，对于理解影响基因调控的更广泛的区室化和拓扑框架以及特定顺式调控要素之间更精细的分辨率联系至关重要。”
重要的是，由于来自HiChIP的染色质相互作用数据以三维方式反映了基因组的固有折叠（和错误折叠），因此这也可以为重新排列的癌症染色体上的基因调节错误提供信息，这是传统ChIP-Seq实验所缺少的重要见解。Scacheri补充道： “我们不仅观察到跨癌症基因组的染色体内顺式调控相互作用，而且还观察到重排染色体上染色体间的异位顺式调控相互作用。我们认为，该数据将有助于更好地勾勒癌症中基因与表观基因驱动子事件之间的关系。”
为了响应客户对数据分析的需求，该公司与学术合作伙伴合作，以优化经学界验证的开源生物信息学工具，例如MAPS。Arima MAPS产品管线可自动输出易于理解的品质控制统计数据，并在用户按下按钮后继续生成染色质相互作用热图和弧形图，以便在基因组浏览器中轻松查看。除了简化的数据分析之外，该公司还专注于增强客户服务和支持体验，这是其为加快样本至发现和发表工作而不断努力的一部分。Ordog补充道：“Arima技术支持团队非常出色。”
该公司在其现有Arima-HiC平台上开发了HiChIP，旨在通过一个通用Arima试剂盒同时支持HiC和HiChIP。此外，该公司扩大了业务规模，并加强了其商业团队，以便向全球发售这些试剂盒。Arima Genomics商业总监Joseph Spidle表示：“经客户验证的Arima-HiChIP试剂盒和服务的上市标志着一个重要里程碑，因为它既可以实现目标HiC方法的商业化，又是对传统ChIP-Seq的升级。我们的目标是在实现基因组结构见解可用性民主化的同时，向Arima-HiC平台添加有临床意义和科学意义的应用，以加快基础研究和疾病相关研究。”
关于Arima Genomics
Arima Genomics, Inc.是一家生物技术公司，其目标是促进对基因组顺序和结构及其对健康、疾病、物种演化作用的了解。欲了解进一步信息，请访问：http://www.arimagenomics.com。
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